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Linux安装HDF5及遇到的问题总结

发布时间:2016-11-20 11:19:07来源:linux网站作者:luoying_1993
ubuntu版本:16.04.2 64位
从HDF官网(https://support.hdfgroup.org/HDF5/)上下载hdf5-1.8.17.tar.gz
Linux安装HDF5及遇到的问题总结
 
简要安装步骤如下:(详细步骤:hdf5-1.8.17/release_docs/INSTALL)
$ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf -   #解压缩
$ cd hdf5-X.Y.Z
$ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5  #安装路径
$ make
$ make check                # run test suite.
$ make install
$ make check-install        # verify installation.
注:X.Y.Z是HDF版本
 
安装成功后,在安装目录/usr/local下出现hdf5文件夹,打开后
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在/share/hdf5_examples/下是示例程序。打开c文件夹,下面我们来测试。该文件夹下有个名为run-c-ex.sh文件,执行该文件可以将c目录下所有.c文件执行。
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运行命令:$ sudo ./run-c-ex.sh
即可得到所有文件的执行结果。
 
打开run-c-ex.sh文件可查看该文件内容如下
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下面我们来讲怎么执行单个.c文件,以/usr/local/hdf5/share/hdf5_examples/c目录下h5_extend.c为例
执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c
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可是却报出错误:h5cc:command not found
我们在命令行输入h5cc,可以看到
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提示我们h5cc没有安装,按照指示,我们输入sudo apt install hdf5-helpers
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接下来再执行,却报出hdf5.h: No such file or directory的错误
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只要安装libhdf5-serial-dev就可以了。
执行命令:$ sudo apt-get install libhdf5-serial-dev
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再次执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c
没有问题,执行:$ ./h5_extend
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在/share/hdf5_examples/c目录下除了生成h5_extend和h5_extend.o两个文件,还有extend.h5文件。
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下面介绍一个可视化工具HDFView,它可以用来查看和编辑HDF文件。(https://support.hdfgroup.org/products/Java/hdfview/)
下载HDFView,即可查看我们刚刚得到的extend.h5
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