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急急求助!!!F8下makefile

发布时间:2008-05-04 11:25:05来源:红联作者:8wy602050
各位哥哥姐姐,小妹在用一个软件,这个软件只能在苹果机上运行,但程序源文件带一个“makefile”可以在Linux中运行生成一个可以在linux下运行的“程序名.exe”文件,我的操作系统是FC8. (刚学会安装F8)每次我运行这个makefile都是下面这句话。我不知道问题处在哪里?如果是makefile本身的编写问题,那应该怎么改。(不应该啊,这个软件是国际上很流行的一个生物应用软件。)


make*****No rule to make target '/usr/include/string.h',needed by 'DrawTree.o' stop;

[font=黑体]以下是"makefile"的内容:(程序我在附件里有,r8s1.71)[/font]

# Make file for r8s
# Updated April 2003 for Linux and Mac OS 10.2. No other builds currently supported
#

FC = g77 # Fortran compiler; standard on Linux, may have to go fetch this on OS X! (get it from Fink)
CC = gcc # GNU C compiler
LIBS = -lg2c -lm # FORTRAN to C library, and standard C library
LPATH = -L/sw/lib # This is the directory where Mac's Fink stuck the g2c library
#CFLAGS = -g -std=c99 -pedantic # for debugging, etc.
CFLAGS = # usual case


OBJS = DrawTree.o TreeSim.o moment.o powell.o ConstrOpt.o \
MyUtilities.o WuLi.o DistrFuncs.o NRCvectorUtils.o distance.o penalty.o \
ObjFunc.o main.o relativeRates.o ReadNexusFile2.o memory.o root3taxa.o \
TimeAlgorithms.o nextToken2.o storeNexusFile.o MinND.o TreeUtils.o structures.o \
blas.o tn.o TNwrapper.o continuousML.o ancestral.o


#r8s: ${OBJS}
# ${CC} -o r8s ${OBJS} ${LIBS}
# Use the following for MAC OS X
r8s: ${OBJS}
${CC} -o r8s ${LPATH} ${OBJS} ${LIBS}

# DO NOT DELETE


ancestral.o:ancestral.h
continuousML.o:continuousML.h
TNwrapper.o:TNwrapper.h
DrawTree.o:DrawTree.h TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/ctype.h /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
TreeSim.o:TreeSim.h TreeUtils.h /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h /usr/include/math.h
moment.o:/usr/include/math.h moment.h MyUtilities.h
ConstrOpt.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
ConstrOpt.o: /usr/include/math.h Maximize.h
ConstrOpt.o: NRCvectorUtils.h ConstrOpt.h MyUtilities.h /usr/include/string.h
ConstrOpt.o: /usr/include/ctype.h
DistrFuncs.o: DistrFuncs.h /usr/include/math.h
MinND.o: Maximize.h NRCvectorUtils.h
MyUtilities.o: MyUtilities.h /usr/include/stdio.h /usr/include/string.h
MyUtilities.o: /usr/include/stdlib.h
MyUtilities.o: /usr/include/ctype.h memory.h
NRCvectorUtils.o: NRCvectorUtils.h /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
NRCvectorUtils.o: memory.h
ObjFunc.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
ObjFunc.o: ObjFunc.h TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/ctype.h
ObjFunc.o: structures.h TimeAlgorithms.h ConstrOpt.h objective.h ObjFuncHeader.h
ObjFunc.o: /usr/include/math.h MyUtilities.h
ReadNexusFile2.o: WuLi.h nexus.h /usr/include/stdio.h
ReadNexusFile2.o: /usr/include/string.h /usr/include/stdlib.h
ReadNexusFile2.o: /usr/include/ctype.h TreeUtils.h
ReadNexusFile2.o: structures.h MyUtilities.h memory.h ObjFunc.h
ReadNexusFile2.o: TimeAlgorithms.h TreeSim.h
TimeAlgorithms.o: TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/stdio.h
TimeAlgorithms.o: /usr/include/ctype.h /usr/include/stdlib.h
TimeAlgorithms.o: structures.h TimeAlgorithms.h
TimeAlgorithms.o: memory.h /usr/include/math.h penalty.h
TreeUtils.o: TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/stdio.h
TreeUtils.o: /usr/include/ctype.h /usr/include/stdlib.h
TreeUtils.o: structures.h memory.h
WuLi.o: /usr/include/math.h /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
WuLi.o: nexus.h /usr/include/string.h
WuLi.o: /usr/include/ctype.h TreeUtils.h structures.h WuLi.h
WuLi.o: MyUtilities.h memory.h DistrFuncs.h distance.h
distance.o: distance.h nexus.h /usr/include/stdio.h /usr/include/string.h
distance.o: /usr/include/stdlib.h /usr/include/ctype.h
distance.o: TreeUtils.h structures.h /usr/include/math.h
main.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
main.o: /usr/include/string.h storeNexusFile.h nexus.h /usr/include/ctype.h
main.o: TreeUtils.h structures.h
memory.o: /usr/include/stdlib.h memory.h
memory.o: /usr/include/errno.h /usr/include/sys/errno.h
nextToken2.o: nexus.h /usr/include/stdio.h /usr/include/string.h
nextToken2.o: /usr/include/stdlib.h
nextToken2.o: /usr/include/ctype.h TreeUtils.h structures.h MyUtilities.h
nextToken2.o: memory.h
#optimizeNRCLR.o: NRCvectorUtils.h optimizeNRCLR.h /usr/include/math.h
#optimizeNRCLR.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
penalty.o: TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/stdio.h
penalty.o: /usr/include/ctype.h /usr/include/stdlib.h
penalty.o: structures.h penalty.h /usr/include/math.h
relativeRates.o: nexus.h /usr/include/stdio.h /usr/include/string.h
relativeRates.o: /usr/include/stdlib.h
relativeRates.o: /usr/include/ctype.h TreeUtils.h structures.h
relativeRates.o: relativeRates.h WuLi.h MyUtilities.h root3taxa.h
relativeRates.o: distance.h
root3taxa.o: TreeUtils.h /usr/include/string.h /usr/include/stdio.h
root3taxa.o: /usr/include/ctype.h /usr/include/stdlib.h
root3taxa.o: structures.h memory.h root3taxa.h
storeNexusFile.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/stdlib.h
storeNexusFile.o: storeNexusFile.h MyUtilities.h
storeNexusFile.o: /usr/include/string.h /usr/include/ctype.h
structures.o: structures.h /usr/include/stdlib.h
structures.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/string.h MyUtilities.h
structures.o: /usr/include/ctype.h memory.h
#BFGSwrapper.o: BFGSwrapper.h
文章评论

共有 20 条评论

  1. 太平桥 于 2008-05-04 18:30:21发表:

    不用客气,大姐。

    :0D1

  2. 8wy602050 于 2008-05-04 18:26:22发表:

    大哥!谢谢您!
    我刚才试着用gunzip解压了第一部!有用tar解压了下!现在能运行makefile了!谢谢您一天的照顾!大哥,好好激动阿!终于解决了! 看了您也是作生物的马!对这个软件听了解的!大哥!再次谢谢您!

  3. 8wy602050 于 2008-05-04 18:26:09发表:

    我刚才试着用gunzip解压了第一部!有用tar解压了下!现在能运行makefile了!谢谢您一天的照顾!大哥,好好激动阿!终于解决了!:0wmjh(1 看了您也是作生物的马!对这个软件听了解的!大哥!再次谢谢您!

  4. 太平桥 于 2008-05-04 18:23:30发表:

    首先确定 安装的Fedora 版本

    若是 i386 版装 16 楼的附件
    若是 x86_64 版装 14 楼的附件

  5. 8wy602050 于 2008-05-04 17:56:55发表:

    g77我装上了!
    装ncompress时候,出现下面的问题,说是软件依赖性问题!
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.3.4)(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6()(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.4)(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.2.5)(64bit) is needed by package ncompress

  6. 太平桥 于 2008-05-04 17:54:17发表:

    32位 系统 安装这个:

    [attach]7399[/attach]

    你要是开发包都没装的话,可有些东西要补装。

    q):-s

    [ 本帖最后由 太平桥 于 2008-5-4 18:27 编辑 ]

  7. 8wy602050 于 2008-05-04 17:47:41发表:

    装ncompress时候,出现下面的问题,说是软件依赖性问题!(3):os
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.3.4)(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6()(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.4)(64bit) is needed by package ncompress
    Missing Dependency: libc.so.6(GLIBC_2.2.5)(64bit) is needed by package ncompress

  8. 太平桥 于 2008-05-04 15:21:09发表:

    引用:
    原帖由 8wy602050 于 2008-5-4 13:08 发表
    太谢谢您了!
    我试过那样,可是我输入uncompress就没有这个命令。显示not found commd!
    我还试过直接 ./configrue 也是说找不到命令!
    还有我只装了F8,是不是还得装Fortran和g77这些编译器!
    还的麻烦您看下! ...


    uncompress 装一下这个:
    [attach]7390[/attach]

    g77 自己装

  9. 8wy602050 于 2008-05-04 14:33:11发表:

    谢谢大家,我装F8的时候,选择了办公,没有选择程序开发,和网络服务器的选项。刚才我重新装了,并且选了。可进入系统后,还是没有uncompress这个命令!这是怎么回事!》?》》:0w5ty(1 :0wmjh(1

  10. yourfriend 于 2008-05-04 13:58:04发表:

    凡是妹妹的问题一定要解决,
    回答妹妹的态度一定要和蔼!

  11. gongji110 于 2008-05-04 13:50:07发表:

    如果是这样的话,那你还是在root下运行吧。
    或者你看看configure这个命令的路径是不是没有加在PATH环境变量中。

  12. 8wy602050 于 2008-05-04 13:08:20发表:

    太谢谢您了!
    我试过那样,可是我输入uncompress就没有这个命令。显示not found commd!
    我还试过直接 ./configrue 也是说找不到命令!
    还有我只装了F8,是不是还得装Fortran和g77这些编译器!
    还的麻烦您看下!(o):tx

    [ 本帖最后由 8wy602050 于 2008-5-4 13:12 编辑 ]

  13. 太平桥 于 2008-05-04 13:00:40发表:

    引用:
    原帖由 8wy602050 于 2008-5-4 12:37 发表
    确实不能新建任何东西。好像不是root用户登陆就不能!


    /usr 目录 普通用户只有读和执行的权限。
    这是 Linux 不是 Windows,超级权限的使用是有严格控制的。

  14. 8wy602050 于 2008-05-04 12:59:32发表:

    我吧一个成功运行这个软件的步骤贴到上面了!您看下!在1楼!

  15. 太平桥 于 2008-05-04 12:58:15发表:

    1.uncompress r8s1.71.dist.tar.Z
    2.tar xvf r8s1.71.dist.tar
    2 $cd r8s1.71/src
    3.make

    我这里Fortran没装。 g77 没有。就不进行下去了。

    (hl):hao

  16. 8wy602050 于 2008-05-04 12:37:30发表:

    确实不能新建任何东西。好像不是root用户登陆就不能!

  17. 8wy602050 于 2008-05-04 12:35:44发表:

    x谢谢您。
    我只是再乱试。我是照着手册操作的。linux我一点不懂。您刚才说,“确定/usr/include 下有 makefile 需要的所有文件”,我把路径改到/tmp/下,并且把加压出来的makefile相关文件都复制到这个目录下。然后运行make还是不行!:0wl;l1

  18. 太平桥 于 2008-05-04 12:11:26发表:

    /usr/include 下不能新建 文件夹?

    为什么要建文件夹?

    [ 本帖最后由 太平桥 于 2008-5-4 12:12 编辑 ]

  19. 8wy602050 于 2008-05-04 11:52:05发表:

    我查的手册是这么说的!我装的F8,在urs/includ/下无法新建文件!我不知道是不是这个问题!我刚才把代码中的urs/includ/改为tmp,只有在这里能新建,可是还是不行!

  20. 太平桥 于 2008-05-04 11:31:22发表:

    引用:

    ......可以在Linux中运行生成一个可以在linux下运行的“程序名.exe”文件......


    生成*.exe ?

    引用:

    ....../usr/include/string.h......


    确定/usr/include 下有 makefile 需要的所有文件?

    r8s version 1.71 貌似有二进制包下。

    q):-s

    [ 本帖最后由 太平桥 于 2008-5-4 11:36 编辑 ]