很多人都抱怨Dedecms在 Linux 系统中存在不兼容，其实主要是大家对Linux不理解所造成的，特别是DedeCmsV5，模块是可选的，而如目录权限不适合，在Linux中可能引发很多错误。
在 Linux 系统中，主要需要注意安全模式的空间，在 Dedecms V4中，曾经尝试过使用FTP模式创建目录解决在 Linux 安全模式的问题，不过后来发现，很多地方是不可行的，而且处理过于复杂，所以在新版中很多地方都没考虑此问题，简单的来说就是在DedeCms是不支持在Linux中使用安全模式的空间的。
