CentOS下安装Gaussian 03的问题

与题目相关的内容见最后一段。

不明白老板怎么想的，非要买一些四核的组装台式机用来做动力学计算。好吧，买就买吧，买来之后安装系统，先上RHEL 4 update 4，结果找不到硬盘。然后上CentOS 4.4， 5.0，还是一样的结果，找不到硬盘。没办法，只好找出最新发布的Opensuse 10.3 x86-64，还好，顺利装上。然后装PGI 6.0，失败，出错原因不记得了,似乎说什么此版本不兼容32位的PGI之类的话，但是64位的也没法用。一时糊涂之下，重装系统，把64位的换为32位的，继续装PGI 6.0，还是没法使用。这时候才突然想起来手头还有PGI 7.0，赶紧很兴奋的拿来装，结果到最后还是出了个警告：Unknow glibc-2.6.1-18, treating it as 2.4。具体的不记得了反正大概就是这个意思，这个系统的glibc库的版本太新了。不过还好，使用起来并没有什么问题，计算的结果也还是正确的。但是这个时候突然想起来其实根本不用重装系统，在64位下PGI 7.0肯定也没什么问题。

这些事情已经是一两个星期之前的事情了，至少是在11月11号之前吧。因为我记得那天出去玩的时候那个使用这台机器的师妹告诉我这台机器算起来速度挺快的。

结果上周老板又过来说要再买20台这样的机器，在我和宋的一顿劝说之下，老板决定买五台这样的，剩下的钱还是买刀片服务器吧，毕竟那个才是真正用来做计算的。因为我一向对Suse这个操作系统没什么好感，何况它的glibc的版本这么新，又不装个旧的的兼容版本，恐怕我们的很多远古的软件在这上面安装都会出问题。所以我让宋告诉那些卖机器的人，想办法把RHEL 4 update 4给我们装上去。结果他们鼓捣了两天，最后的结论是那个实在是装不上去，但是CentOS 5可以装上去，不过还是需要把ICH9的那个Patch打进去。我用的CentOS 5是没有打那个补丁的版本，是从所里的FTP上下的。他们说起这个的时候，我就想起来在所里的FTP好像有这么一个补丁，因为是以.iso.delta做后缀名的，我之前没有见过这样的文件，也不知道是干什么用的。所以为了省事，直接打电话给所里的网络中心，问他们这个怎么用。结果接电话的人告诉我，他不知道怎么用，让我直接刻两张盘就是了。但是我一看那个.delta文件用UltraISO根本打不开，怎么刻盘。而且卖电脑的之所以知道CentOS 5可以装上，是因为所里其他组的人也买过这样配置的电脑，而据我所知，他们安装系统和软件的时候网络中心的人都是帮了很大的忙的。虽然事后想起来觉得也许接电话的人跟那个帮忙的人不是一个人也说不定，不过当时本来就头大，一听这看起来明显敷衍的话就火大。不知道怎么用你下下来放在所里的FTP上干什么？所以虽然卖电脑的人拿来了已经打了ICH9补丁的CentOS的安装盘，我还是决定自己搞定。于是上google简单的搜了一下，知道这玩意可以用applydeltaiso这个命令把那个补丁合并到原来的ISO文件中，具体的合并命令如下：

applydeltaiso CentOS-5.0-i386-bin-DVD.iso CentOS-5.0-i386-bin-DVD-ich9.iso.delta CentOS-5.0-i386-bin-DVD-ich9Patch.iso

这个命令是属于deltarpm软件包的，OpenSuse自带这一软件包。其他发行版只需要去网上下载一个相应的deltarpm装上就可以了。合并好只好刻盘安装，一切顺利。

第二天来了之后准备配置IP，结果惊奇的发现CentOS居然没找到主板上集成的网卡。到这里有必要说说这个让我感到极度恼火的破烂机器的配置了：

主板：Intel DP35DP
CPU（4核）: Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q6600 @ 2.40GHz
内存：4G
希捷串行SATA硬盘，型号：ST3160815AS，160G
网卡：Intel(R) 82566DC 主板集成

于是查网卡型号，上Intel的官网下驱动，安装，发现无法编译，原因是内核的源文件没有安装齐全。上网一通狂搜，下了几个软件包，结果发现没啥用处。差点放弃，想转头再去装Opensuse 10.3了，反正又不是我用，出了问题让他们找老板去，反正我一句没办法就可以搪塞过去了。后来突然想起来也许安装光盘里就有，虽然我选了全部安装，但也许在选的时候漏掉了也有可能。于是打开光盘，找到了几个和内核有关的RPM包，统统装了一遍。然后再装驱动的时候就一切顺利了。后来仔细研究之后发现只需要把下面这个软件包装上去就可以了： kernel-xen-devel-2.6.18-8.1.15.el5.hrb.i686.rpm.

搞定网卡之后，然后配置IP，接网线。远程SSH登陆，没问题。在这台机器上用SSH登陆其他节点，也没问题。然后开启FTP，看了看vsftp的配置文件/etc/vsftpd/vsftpd.conf，发现和RHEL 4的配置是一样的。所以只是简单的配置了一下禁止匿名登陆，允许本地用户登陆，然后/etc/rc.d/init.d/vsftpd start开启vsftpd服务。又一次惊奇的发现用ftp软件居然无法登陆，说什么：500 OOPS: cannot change directory:/home/pwzhou.上网一搜，发现是SELinux搞的鬼，需要执行一下如下命令：/usr/sbin/setsebool -P ftp_home_dir=1，才能正常工作。

接下来就是安装软件了，终于可以回到题目上去了，但是还得说一下，PGI 6.0没法用，PGI7.0，no problem,no warning. 然后装Gaussian 03，装的时候一切顺利，但是一运行，马上就报错退出：

Erroneous write during file extend.
write 1902 instead of 4096 Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or directory

上面出错信息的第二行的数字可能不尽相同，我这里是从网上拷贝过来的。然后上网去搜，一个下午下来没什么结果，因为搜到的唯一解决办法是修改源代码，但是我使用的Gaussian 03是预编译好的二进制文件，根本不可能去修改什么源代码。晚上打完球回来，很不甘心的在网上又搜了一下，居然鬼使神差的让我找到一篇文章，原来只需要简单的修改一个内核参数就可以了。

echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

如果不改正的话，这个值应该是1，但是只有改为0，gaussian才能正常运行。当然，这个修改需要root权限。如果不想每次重启都再改一遍的话，把这句话添加到/etc/rc.local文件中去。

附：dmidecode Linux下查看硬件信息的命令 hdparm -i /dev/sda Linux下查看硬盘信息的命令。

Suse下SSH和VSFTPD好像需要用yast命令打开，记得不是很清楚了。