有些应用程序还会将它们自己的隐藏目录存放在你的/home目录下，用来存储一些用户特定的数据----例如Firefox，就会创建一个名为/.mozilla/firefox的目录。但出现目录重名的情况还是比较少的，如果确实出现的话，软件会对你发出警示。
如果你想要转移的数据并不是与Windows系统有着紧密的关联，那么手动转移并不是太困难的事。例如，如果你将你所有的用户数据保存在另一个驱动，或者只是一个非应用程序的目录中，而不是在Windows的Documents and Settings<用户名>目录中，那么这些文档就能够被列出在左边，你就可以轻易地访问到它们了。
如果你将你的数据保存在Documents and Settings目录下，并且你将它们原封不动地拷贝或者是将其压缩成一个文档，你就能够将现有的目录保存住，只需要将Documents and Settings中所有数据拷贝出来，接着解压缩到你的Linux的home目录下即可。
如果你想要更加谨慎一些，可以在你的Linux的home目录下创建一个目录，接着讲你的文件还原到目录中，这样就能够缩小风险，尽量避免你所还原的文件因受到一些应用程序所创建的东西或者是系统本身的影响而损毁。而所有的一切都可以在操作完后移动到其它地方。
在一个程序的Windows和Linux版本之间转移应用程序设置则是一桩不同的事，并且各个应用程序的转移过程也会有很大程度的不同。有时，应用程序的设置是存储在一个标准单独的文件中的，你可以很轻易地就转换到Linux版本的程序中。但并不总是遇到这样的情况，因此，你必须谨慎地根据以下的步骤来进行操作。
举一个例子：Mozilla的Firefox浏览器，它可以运行在Linux和Windows上，将用户的书签存储在一个名为 bookmarks.html的文件中。在Windows下，这个文件被存储在目录%AppData%MozillaFirefoxProfiles.default，其中profileID是一个随机生成的字符串，用来区分Firefox的用户配置文件的。然而在Linux中，bookmarks.htm则是存储在/home//.mozilla/firefox/.default目录下的。
其它Mozilla的应用程序也遵循同样的原则：Thunderbird电子邮件客户端会将它的用户首选项存储在同样类型的目录中----Linux下是存储在/home//.mozilla-thunderbird/下，而在Windows中则是默认存储在%AppData%ThunderbirdProfiles下。
如果从一个系统的配置文件文件夹中直接将内容拷贝到另一个系统中，这也是有可能成功的;Mozilla的网站上有一些说明，告诉你如何将 Firefox和Thunderbird的配置文件进行转移。然而，你也可以有选择性地进行拷贝。如果你想要将Windows下使用的Firefox书签导入到Linux下使用的Firefox中，而不要通过手动重新创建的话，你就只需要将bookmarks.html文件拷贝到Linux下的适当位置即可。
在拷贝Firefox的设置上也具有同样的步骤，它的设置是存储在同样目录下名为prefs.js的文件中。Thunderbird的设置也是存储在它自身配置文件目录下的prefs.js文件中，而地址簿则是存储在名为abook.mab的文件中。
如果你不想去记这些复杂的文件名，而是希望尽可能地将整个过程自动化的话，有一个名叫FEBE的Firefox插件能够帮助你，它在所有平台上都可用，它可以备份和还原扩展、主题、首选项设置、s，当然还有书签。要注意的是，当你将它移动到Linux下时，你也许需要手动解压FEBE的压缩文件。
