如果你的计算机上安装有windows分区，比如C盘，没有关系，你可以使用分区工具Gparted在硬盘上另外划出一片空间足够大的分区出来，一般1G大小基本就可以了（E-PUP完全解压缩之后有近400MB的体积），格式成ext2文件系统（据说这个格式的分区对驱动器读写比较少，因此非常适合使用ext2文件系统格式化USB闪存盘，以延长闪存盘使用寿命）。然后再用Gparted在硬盘上另外划出一个200MB左右的分区出来，格式成swap分区的形式，用来作E-PUP Linux的交换区。
接下来，无论是用livecd启动E-PUP还是用前面介绍的简单硬盘安装方法（直接拷贝几个光盘上的系统文件到分区，还要保存pup_save.2fs的那种方法）启动E-PUP，请到菜单－－设置，运行“Puppy 通用安装程序”，Puppy 通用安装程序会引导你一步步地将E-PUP安装到你的硬盘ext2分区上。
这个通用安装程序会让你选择要安装的驱动器。然后将E-PUP的文件系统复制过去。之后会有一个比较长的等待时间，然后会出现一个Grub启动加载器设置。在这一步里将安装Grub到你的硬盘。里面有几个选项，自己作出相应的选择就可以了。
上面几步都完成之后，重新启动计算机，在Grub中选择安装在硬盘上的E-PUP，然后开始运行硬盘ext2分区上的E-PUP。与简单安装相比，这里的启动速度会变快一些，进入桌面之后，运行应用程序的速度也很快。硬盘完全安装可以空出一部分内存出来用于运行一些应用程序，可以说硬盘完全安装E-PUP提高了E-PUP的启动速度，也使E-PUP运行更有效率。
推荐有兴趣的朋友尝试一下硬盘完全安装E-PUP。
说明1：由于不再使用pup_save.2fs，硬盘完全安装E-PUP减少了E－PUP的空间占用。用户还将获得一个可读写的E-PUP linux文件系统。
说明2：E-PUP在硬盘完全安装的情况下无法直接使用.sfs文件。用户需要采用其他方法使用.sfs文件。
附1：menu.lst 增加的内容（这里假设完全安装E-PUP到hda6分区）
title E-PUP full-install (on /dev/hda6)
root (hd0,5)
kernel /boot/vmlinuz root=/dev/hda6 ro vga=normal
注意的两点：在安装grub引导前有一段时间好像什么也没做，要有耐心，我就提前重启了结果没内核了。
title E－PUP full-install (on /dev/hda6)
root (hd0,5)
kernel /boot/vmlinuz root=/dev/hda6 ro vga=normal
可能漏掉这行了 ---- root (hd0,5)
它已经指定了内核所在的分区，下面就可以省略了。
