微软宣称，开源软件侵犯了微软的专利。因此，英国的Linux使用者面临微软侵权诉讼的风险可能超出原先预期，当然美国用户受到的威胁更大。
微软曾宣称，Linux及其它开源软件侵犯到微软总计235项专利权。微软拒绝指明涉及的专利究竟是哪些，但Moorcrofts Corporate Law的法律专家Andrew Katz普遍同意，英国使用者曝露的风险肯定比美国使用者低，因为微软在英国取得的专利数目远低于美国专利。
Katz指出，微软拥有51项英国专利，但诺丁罕Eric Potter Clarkson专利律师David Pearce在IPKat博客写道，其实可能影响英国使用者的微软专利数目远不止此数，因为软件巨人掌握数百项欧洲专利，其效力也可能及于英国，就看英国法院是否胳膊肘向外拐了。
Katz说："即使在英国主张400项专利权，这个数字跟微软在美国可主张的专利数目相比，仍是小巫见大巫。这显示英国的机制与美国大不相同，这正是必须点出的重点。"
微软在欧洲共申请了4,341项专利，而欧洲专利局(European Patent Office)已核准其中的431项专利。微软在美国则已经获得超过7,000项专利。
Pearce表示，欧洲专利比英国专利更吸引人。他说："理由很明显，不只是与费用有关。现在，大型企业多半偏好向欧洲专利局申请专利，而不是向英国知识产权局申请。"
微软目前获得的431项欧洲专利中，许多与鼠标这类硬件有关，所以与Linux案毫不相干。
Katz说："快速浏览微软获英国专利局核准的51项专利可知，硬件相关专利所占的比例甚大，似乎明显高于自微软美国专利随机抽样的结果。"
但Pearce说，欧洲当局对软件专利的立场，并不像Katz所说的那么坚定。Pearce说：" 欧洲的确在处理软件专利而且已行之多年。"
自1999年以来，计算机程序产品就需要通过复杂的评估标准才能取得专利。Pearce说："这要看『技术影响』(technical effect)，也就是说，一种超越计算机程序范畴的影响。当计算机被用来控制工业流程时，这就比较容易理解；但如果是用于一般的计算机应用程序，就比较看不出其影响。"
Pearce说，上述标准正是专利经纪人设法钻的"漏洞"，企图藉此回避欧洲法令对计算机软件可专利性订定的例外规定。欧洲专利惯例(European Patent Convention)与英国专利法(United Kingdom Patents)"表明，计算机软件"本身"(as such)是不可申请专利的(not patentable)，这显然引起许多有关"本身"所指为何的争辩"。
如果微软的Linux专利在英国是合法的，微软的起诉就必须根据"间接侵权"(indirect infringement)的论点--也就是计算机程序供应者提供某种方法，让微软的发明物实际产生作用--而不是"直接侵权"(direct infringement)-供应者提供侵权性的计算机程序。
Pearce说："差别在于程度和举证的责任，而且实质上造成相关专利权更难主张。不过，整体来说，这些专利未必无效，只是有一部分是如此。这不会阻止微软控告任何人--只是会让他们更难胜诉罢了。"
总之，Katz和Pearce都同意，微软比较不可能在英国对开源软件使用者提出专利侵权诉讼。在最近两项申请案(申请者是Aerotel Medical Systems)遭到驳回之后，英国知识产权局不再核准专利给任何计算机程序。
但是，Pearce担心说，缺乏更多的判例，会导致既有专利的地位不明。
