在微软继续扩大对Linux阵营控制的时候遇到了阻力，并不是所有的Linux厂商都买他的账，Linux阵营出现了分化。
日前，总部位于巴黎的Mandriva表示对与微软签订许可协议不感兴趣。Mandriva总裁认为，“现在没有任何明显的证据表明，开源软件有专利问题。”而此前红帽公司和监管Ubuntu Linux的Canonical公司都表达了类似的观点。
而在6月初，微软宣布与Xandros公司和Linspire公司签订合作协议，其中包括专利约定----对这两家公司的Linux侵犯微软知识产权免于起诉，与微软去年与Novell及SUSE Linux签订的协议类似。
美国Broward County公立中学的所有部门都采用了Linux，其首席信息官Vijay Sonty说，Linux厂商对微软的不同态度“对开源不利”，可能有利于微软坚持其专利侵权说法。
Sonty说，微软“正在联合合作伙伴以对付”红帽和Ubuntu，后两者是微软的最大威胁。他写道: “战斗才刚刚打响。我们还不知道冰山之下是什么。”
不过，健康保险公司CareFirst的系统工程师兼AIX技术专家Colt Jackson却认为，微软与Linux之争具有两面性。
他在邮件中写道: “一方面，微软极力强调自己的专利权，是一种敲诈; 另一方面，如果一家公司不防卫自己的专利，那它实际上将失去对这些专利的控制。”
