CF卡分区启动Linux失败

想在CF卡上分两个区，一个装Linux系统，一个装应用程序，装Linux的分区采用FAT16格式，用Ramdisk+syslinux启动linux系统，并将linux文件系统装入内存中运行，试验若干次，均告失败，如果不分区直接将CF卡用FAT16格式化，用Ramdisk+syslinux启动，能成功，原因未知。