一个操作系统的好坏，不仅要求系统本身安全、稳定，使用方便，更重要的是要有丰富的应用软件支持，如：多媒体、数据库、开发包等等。
Windows的应用程序是相当丰富的，而且安装简便。这正是Windows获得成功的最主要原因。当然，这也与Windows的定位有很大的关系。微软公司把它的主要操作系统定位在家庭使用，并提供相应的软件开发工具和丰富的系统资料，这样，普通用户也能通过其开发工具容易的开发出自己所需求的小软件。Windows还有一个重要的应用就是作为游戏平台。绝大多数的游戏多被移植到该平台下，广大的游戏爱好者不得不选择Windows作为其PC上的游戏平台。
另外，微软公司提供了一系列的Windows平台，能够适应不同的需求，许多软件公司都以Windows为开发平台，这也促使商业用户首先考虑使用Windows系统。
然而，正是由于这种商业性质，Windows及其该平台上的应用软件不能够提供其源代码，使得系统和软件的漏洞得不到及时的修正；从移植性方面考虑，因为是基于Windows开发的软件，使用的是Windows的专用开发包及API（应用程序接口函数），较难把该平台下的应用程序移植到其它的平台上。一般来说，除了重新写过代码以外，没有别的移植办法。而且，Windows的不同版本之间，软件也存在一定的兼容性问题。可见，Windows软件的移植性是较弱的。
Linux的套件中带了许多的应用软件，而且是免费的，并且不像Windows的应用软件那样，要花巨额的费用。另外，系统及软件的源代码是开放的，用户可以根据自身的需要，修改其中的不足，提高适用性和兼容性，况且这种修正是十分及时和有针对性的。
Linux是使用标准的C语言编写的，其本身就具备了很好的可移植性。并且，Linux是类UNIX的操作系统，UNIX的许多应用软件都可以移植到该平台上。当然，Linux平台上的优秀软件只需对其源程序作一些简单地修改，就可以运行在不同的系统平台上，这也包括Windows系列。这些特点，吸引着广大的Linux爱好者及程序设计爱好者。
Linux的不足之处在于：对多媒体的支持不够，更不适合作为游戏平台，安装软件更是麻烦。另外，Linux提供的这些图形界面环境，每一种都有自己的一套开发包和相应的函数库，如此一来，在不同的环境下开发的应用软件就不能相互兼容，给程序员和用户带来了极大的不便。Linux下的开发包的使用也并不容易，不能轻松掌握，它要求程序员熟悉Linux的环境，并掌握相应的库函数。这样，要花去很长的时间来学习，延长了软件的开发时间。
这些不足，主要是由于Linux没有统一软、硬件两方面契约，从而使其适应性受到限制。不过，随着众多计算机生产厂商的加盟，以及Linux众多爱好者的努力，Linux的应用软件将日趋增多，安装、使用、维护也将日趋方便，软件的开发自然也会日趋简单起来。
