安全性能是 Windows 常常遭受 Linux 支持者批评嘲笑之处。除了层出不穷的计算机病毒外，号称 Windows 95 以来最重要的版本的 Windows XP 问世不过数月就屡屡发现安全漏洞，而且导致联邦调查局向用户发布警告，这无疑加深了 Windows 不如 Linux 安全的看法。不过客观的讲，在以下两方面 Windows 有些冤情可诉：
Windows 的每一个漏洞的公开都会引起公众和媒体的广泛注意，这种树大招风的现象大大增加了 Windows 技术漏洞的可见性 (Visibility)。而且 Linux 作为公开源代码的系统，它的漏洞的发现和修补往往被有意无意地视为是系统开发的一部分，好比是 Microsoft 在开发 Windows 期间由内部程序员发现并修补漏洞。由于在很多人眼里 Linux 永远处于开发状态中，而 Windows 有明确的推出日期 (不然没法赚钱)，因此在这一点上 Windows 处于非常不利的位置。
人们在比较 Windows 和 Linux 的技术漏洞时常常实际上是在对 Windows 和 Linux 内核 (Kernel) 作比较，这是不公平的。 Windows 除内核外还包括用户界面 (UI) 以及大量的应用软件，大多数 Windows 技术漏洞其实并不是 Windows 内核的漏洞。以安全漏洞而言，大多数是属于 IIS 和 IE 的，对应于 Linux 系统中的 Apache 和 Netscape 或 Konqueror 等。较为合理的做法应当是将 Windows 和 Linux Distribution 或者 Linux Distribution 中与 Windows 功能平行的部分进行比较。
尽管有以上这些辩护，尽管 Microsoft 抱怨说人们对攻击 Windows 远比对攻击 Linux 感兴趣 (因为更容易成名) 才使得 Windows 频频亮起安全红灯，但我认为现阶段 Linux 在安全性能上确实要优于 Windows。起码以病毒数量和危害性而言，Windows 用户所担当的风险就要大得多。只是 Windows 的安全性也不象有些文章渲染的那样糟糕。
说到了安全性，顺便提一下对于除美国以外的其他国家来说，由于 Windows 的技术完全被 Microsoft 所垄断，因此使用 Linux 还具有国家安全上的优势。这也是近期中国，法国，韩国等国政府在采购操作系统时均作出了有利于 Linux 的决定的原因之一。
