Linux 具有比 Windows 大得多的可调节性。许多早期的 Windows 骨灰级用户在系统可调节性上有一种怀旧感，觉得在 DOS 和早期 Windows 时代他们曾经是机器的主人，随着 Windows 的演化，后来他们只拥有 Windows，不再直接拥有机器了 (现在他们连 Windows 也不拥有了)。而 Linux 却始终如一地保持着系统的高度可调节性。
Linux 的源代码的开放性也可以被视为终极意义上的可调节性，但是，前面说了，对于普通用户来说，这种可调节性实际上是几乎不存在的。
另一方面，在各自可调节的范围内，Windows 要比 Linux 易于调节 (这在很大程度上得益于 Windows 界面的规范性)。在早期，Linux 的调节往往需要用户直接修改，Linux 在这方面做了很大的改进，开发了许多工具软件，不过和 Linux 下的许多其它类别的软件类似，Linux 的工具软件也呈现一种发散性，即有不止一种软件可以做同一件事。这使得用户在转换机器和 Linux Distribution 时往往因为不同环境下工具软件的不同而需要学习新的工具或重新安装旧的工具。
