Fedora11上编译Amber9

[i=s] 本帖最后由 梦里骑士 于 2009-12-3 14:28 编辑 [/i]

首先要感谢sobereva，你的文章给了我很大的帮助。
在安装中，我遇到了很多问题，现在就和大家分享一下我成功安装的过程。
给需要的朋友一点帮助，也请老鸟们多指教。

折腾了这么久，今天终于通过了amber9的test。
MKL依旧问题多多，实在没耐心折腾，直接放弃它了。在/etc/bashrc里注释掉了所有MKL的项，重开终端，按部就班地编译amber，一切顺利地结束了……make test,passed……
到最后还是没用成MKL，不过sobereva说影响并不大。既然装完了，就写个完整的过程存档。
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编译环境：Fedora11_x86_64、Intel Compiler 11.1.059、Mpich2.1.2

一、安装32位的库文件和csh：
# yum install libstdc++.i586
# yum install tcsh

二、安装Intel的编译器：
Intel非商业版软件获取地址：
http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/
在
https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx?ProductID=1322&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=NCOM〈=
填入Email，然后就进入下载页面了。下载Intel® Fortran Compiler Professional Edition 11.1 for Linux*。
得到l_cprof_p_11.1.059_intel64.tgz，解压，
# ./install.sh
安装完成后，设置环境变量
# vi /etc/bashrc
在最后加入
source /opt/intel/Compiler/11.1/059/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh
export FC=/opt/intel/Compiler/11.1/059/bin/intel64/ifort

三、安装MPICH2
到http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载mpich2
mpich2解压，进入此目录，运行：
# ./configure
# make
# make install (此时编译好的mpich2的文件已经被安装到默认路径/usr/local的各个子目录下)
#touch /etc/mpd.conf
# chmod 700 /etc/mpd.conf
将下面加入/etc/mpd.conf:
secretword=kid
设置环境变量
# vi /etc/bashrc
在最后加入
export MPI_HOME=/usr/local

四、安装Amber9
将amber9.tgz解压到/home/kid/work。
在/etc/bashrc中添加:
export AMBERHOME=/home/kid/work/amber9
export PATH=$PATH:/home/kid/work/amber9/exe
关闭终端，重新打开以使环境变量生效。

下载最新的amber9的bugfix，http://amber.scripps.edu/bugfixes/9.0/bugfix.all，另存为，复制到amber9目录中
进入该目录，运行
# chmod 777 -R *
# patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfix.all
# cd src/
# ./configure ifort_x86_64
完成后
# vi config.h
找到“CFLAGS=”，加入 -msse -msse2 -msse3 -mssse3 -march=core2
找到“FOPTFLAGS”=删除-tpp7，修改-axWP为-axSSSE3
保存退出，运行
# make serial
完成后
# make clean
# ./configure -mpich2 ifort_x86_64
# vi config.h
找到“CFLAGS=”，加入 -msse -msse2 -msse3 -mssse3 -march=core2
找到“FOPTFLAGS=”删除-tpp7，修改-axWP为-axSSSE3
保存退出，运行
# make parallel
安装全部完成。