如何将红帽里的网站向ubuntu转移

本人linux一知半解，jsp初级水平。

我有个网站是apache2.02捆tomcat4.0.5，使用j2sdk1.4.1，mysql3.24a
我只有这个服务器，root密码也有，但如何安装的这个网站，已经没有技术支持了。
数据库我有生成sql，网站没有原始JAVA文件。
我把网站文件全拷过来（大概1G），放到ubuntu server 9.04 lamp + tomcat6 或 windows tomcat6 环境下都只能打开主页，往下就进行不了了。

tomcat会报内存泄漏。

老的apache，tomcat，mysql，jdk我没找，太麻烦了，有影响吗？

我简单看了看网站，有些地方挺奇怪的，jdk里有与网站名相同的文件夹，里面有1个class文件
tomcat 的 bin文件夹里还有一个网站名开头的l_startup.sh文件，内容和自带的startup.sh一样。都加了对jdk的路径定义。
我还需要做哪些配置？如何去找这些配置？

望高人指点一二