求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序

共有 9 条评论

1. xht0529 于 2009-06-02 18:17:33发表:

   学到不少东西

2. huangqp 于 2009-05-23 13:00:20发表:

   8# wang7131984
   
   
   恩 十分感谢
   我用了第二种方法 先生成一个中间文件 然后达到结果
   seqinfo file -only name -length >list
   sort -k2 list |awk '{print $1;}'>domainid
   最后由domainid提出想要结果

3. wang7131984 于 2009-05-20 15:05:28发表:

   提供一种解法吧，就是把文本的格式改改
   比如
   >xxxx
   yyyyyyyyyyyy
   你就把它变成
   char_num#>xxxxx#yyyyyyyyyyyyyyyyyy
   然后你就可以排序.
   最后将它还原为原来的格式
   以下是使用ruby的实现
   file = File.open "fasta"
   list = []
   loop do
   key = file.gets
   value = file.gets
   break if value == nil
   line = value.size.to_s << "#" << key << "#" << value
   #这里你自己没说清楚，到底序列是指
   #>xxxxxx
   #yyyyyyyyyyyyy还是指
   #yyyyyyyyyyyyyy，所以自己修改，我默认为下一种
   list.push line
   end
   list.sort! #恩，这里有些问题，国内的ruby少的可怜。而我又没有ruby的帮助文档。这里需要修改一下sort的这个算法。因为ruby默认是按照ascii顺序排列的。所以5反而在10的后面。还有另一种方法是使用linux的sort工具 sort -n 可以实现按数字排序，但是中间要生成临时文件，自己实现。
   tmpfile =File.open "fasta.tmp", "w"
   list.each { |elem| tmp_list = elem.splist ( /#/ ); tmpfile.puts tmp_list[1], tmp_list[2]}
   #system "mv fasta.tmp fasta"这句等你确认算法是对的再来执行吧

4. huangqp 于 2009-05-20 13:34:20发表:

   6# plzzl
   
   十分感谢 是的
   不过我的序列就一行

5. plzzl 于 2009-05-20 11:28:31发表:

   楼主搞生物学的阿?每个序列不止一行吧，一行的话好像比较容易，我在查查:0wl;l1

6. huangqp 于 2009-05-19 19:08:38发表:

   求了 来个懂的吧

7. xht0529 于 2009-05-19 14:59:22发表:

   不懂

8. huangqp 于 2009-05-19 00:37:14发表:

   {:2_91:}还是没人回应

9. opius 于 2009-05-18 15:22:17发表:

   不懂做