别人怎么可以随便修改我的网页代码文件呢？

我今天才发现， 我的服务器里的一个js文件权限居然是nobody， 我也不知道这是怎么搞的，
这个文件经常受到攻击， 所谓的攻击就是在这个文件最下端添加一行代码，不是iframe就是document.write('http://www.xxx.com/aaa.htm')之类的
这些人一般是通过什么途径来获取这个文件而且随便修改呢？