双系统启动程序！

我想更改系统启动顺序，直接启动我编写的程序，不进入登录框！
我用的方法是装两个LINUX系统，在一个系统下更改另一个系统的rc.sysinit文件。
我的问题是我要的效果也实现了，可就是我编写的程序在正常启动的系统下运行正常，可是被我改过的系统下我的程序启动之后就有问题，有些功能没有了！请问这是怎么回事？