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为什么要在Docker中使用R?一位DevOps的看法

发布时间:2017-11-05 09:32:02来源:linux.cn作者:LCTT
R 语言,一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R 内置多种统计学及数字分析功能。R 的另一强项是绘图功能,制图具有印刷的素质,也可加入数学符号。
已经有几篇关于为什么要在 Docker 中使用 R 的文章。在这篇文章中,我将尝试加入一个 DevOps 的观点,并解释在 OpenCPU 系统的环境中如何使用容器化 R 来构建和部署 R 服务器。
 
1、轻松开发
OpenCPU 系统的旗舰是 OpenCPU 服务器:它是一个成熟且强大的 Linux 栈,用于在系统和应用程序中嵌入 R。因为 OpenCPU 是完全开源的,我们可以在 DockerHub 上构建和发布。可以使用以下命令启动一个可以立即使用的 OpenCPU 和 RStudio 的 Linux 服务器(使用端口 8004 或 80):
docker run -t -p 8004:8004 opencpu/rstudio
现在只需在你的浏览器打开 http://localhost:8004/ocpu/ 和 http://localhost:8004/rstudio/ 即可!在 rstudio 中用用户 opencpu(密码:opencpu)登录来构建或安装应用程序。有关详细信息,请参阅自述文件
Docker 让开始使用 OpenCPU 变得简单。容器给你一个充分灵活的 Linux 机器,而无需在系统上安装任何东西。你可以通过 rstudio 服务器安装软件包或应用程序,也可以使用 docker exec 进入到正在运行的服务器的 root shell 中:
# Lookup the container ID
docker ps
# Drop a shell
docker exec -i -t eec1cdae3228 /bin/bash
你可以在服务器的 shell 中安装其他软件,自定义 apache2 的 httpd 配置(auth,代理等),调整 R 选项,通过预加载数据或包等来优化性能。
 
2、通过 DockerHub 发布和部署
最强大的是,Docker 可以通过 DockerHub 发布和部署。要创建一个完全独立的应用程序容器,只需使用标准的 opencpu 镜像并添加你的程序。
出于本文的目的,我通过在每个仓库中添加一个非常简单的 “Dockerfile”,将一些示例程序打包为 docker 容器。例如:nabel 的 Dockerfile 包含以下内容:
FROM opencpu/base
RUN R -e 'devtools::install_github("rwebapps/nabel")'
它采用标准的 opencpu/base 镜像,并从 Github 仓库安装 nabel。最终得到一个完全隔离、独立的程序。任何人可以使用下面这样的命令启动程序:
docker run -d 8004:8004 rwebapps/nabel
-d 代表守护进程监听 8004 端口。很显然,你可以调整 Dockerfile 来安装任何其它的软件或设置你需要的程序。
容器化部署展示了 Docker 的真正能力:它可以发布可以开箱即用的独立软件,而无需安装任何软件或依赖付费托管的服务。如果你更喜欢专业的托管,那会有许多公司乐意在可扩展的基础设施上为你托管 docker 程序。
 
3、跨平台构建
还有 Docker 用于 OpenCPU 的第三种方式。每次发布,我们都构建 6 个操作系统的 opencpu-server 安装包,它们在 https://archive.opencpu.org 上公布。这个过程已经使用 DockerHub 完全自动化了。以下镜像从源代码自动构建所有栈:
当 GitHub 上发布新版本时,DockerHub 会自动重建此镜像。要做的就是运行一个脚本,它会取回镜像并将 opencpu-server 二进制复制到归档服务器上
 
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